一、这是由现阶段的主要任务和科技水平所决定的。现阶段气功科研的主要任务是建立“唯象气功学”。这是一门学科建立初期必要的阶段，任务是确立事实，寻求唯象规律。
例如热学初期观察一定量的气体，温度一定时压强P与体积V的乘积是一个常数：PV=常数。这一阶段未能深入到热的本质——分子运动。又如光学初期观测光现象，寻求唯象规律，光的直进、反射、折射现象和定理：反射角等于入射角等等，这时不可能认识光的本质是电磁波。
气功比光和热现象更复杂得多，中华气功源远流长，内容丰富，效应特殊。首先是气功治病的神奇疗效，这是气功的人体效应，这可能是气功的物理、化学、生物效应，生理与心理效应的综合效果。气功的人体效应还有教育应用的开智，以及某些超常功能等等。
其次是气功物质基础的探索。如低频涨落调制的红外辐射，人体磁场的测试等等，实际上，应该说是外气的红外效应，外气的磁效应等，而不是人体本身的磁场，正象电流的热效应可观可测可感，但电流本身不是热。
第三是外气的化学效应：对氧化还原反应的影响，对溴——正己烷体系发生取代反应的影响，对鲜花水香气成分的影响及其后效应观测，对B一R化学振荡的影响及其空间保持效应的实验研究等等。
第四是外气的生物效应。人们说电麻，电是麻的，这不对，应该是电的生物效应使人感觉麻。外气生物效应相当广泛：外气对细菌的“生”、“杀”作用，外气对癌细胞的作用，对DNA的影响，对植物、动物的作用效应，包括对农作物，工业微生物的影响等等。
另一大类气功作用效应是对人体的内作用效应：一系列生理、生化指标的影响，从脑电到心电、皮肤电阻，微循环等等。气功对人体各系统的十大作用效应：（1）改善调整神经系统功能；（2）改善循环系统和血液系统功能；（3）调整呼吸系统功能；（4）改善消化系统功能；（5）改善内分泌功能；（6）调整改善肌肉、骨骼功能；（7）调节皮肤温度，改变人体电位、电阻；（8）调整、降低新陈代谢：（9）改善免疫功能：（10）改善人体体态等等，总之使人体整体各生理生化及心理指标优化，使人体处于最佳态——气功态。
所有这些都是气功效应，而不是气功的本质，必然是用现代科学手段来进行研究，而且现代科学技术完全可以测试、研究、寻求规律。这是气功研究的主要方面。所以现阶段气功科研应以现代科学研究为主，来研究气功的各种效应（包括应用），确立事实，寻求规律，建立唯象气功学。
二、“现代科学不能穷尽气功和特异功能的本质”，这个命题是对的，是符合现阶段客观实际的。但由此而认为气功科研应以“内求法”为主，甚至排斥和否定现代科学研究，则是不正确的，不妥当的。
内求法，十分宝贵，是气功科研不可缺少的一个重要方面。气功师处于气功态的内省体验，“内景隧道，唯反观者能照察之”。如经络穴位系统，又如“屏幕效应”等都是现代科学所不及的。
但内求法有其固有缺陷：神秘性，不确定性和模糊性，个体认知的差异性，且对气功各事物具体的认知受时代的文化背景、个人的社会实践等因素制约，何况各人气功态的层次不同，所得到的气功态认知也不相同，故此以气功实践为基本方法的超常认知（内求法）活动所得的关于世界、关于事物、关于气功本质的认知也具有各种各样的局限性。
气功门派之见难以克服即为一例。因此片面地强调内求法，甚至认为内求法至高无上，是不恰当的，历史说明，是阻碍气功科学稳步、迅速发展的。
三、任何学科的发展都有时快有时慢，相当长的积累才有突破。气功的发展更是几起几落，主要的还在于学科本身的问题，其中，研究方法是一个主要的方面。
中华气功源远流长，经历了漫长的发展过程。从有文字记载之前的气功，到《周易》和百家诸子气功；从秦汉时期气功及应用，《*帝内经》、《参同契》，到两晋玄、佛、道家气功日趋成熟；从隋唐气功临床应用，《诸病源候论》、孙思邀气功养生说，到宋元气功交流与融合、陈抟、张紫阳、王重阳、邱处机以及朱熹理学气功集大成；从明清时期各派气功大融合到清未民初气功文武两枝。直至新中国成立后，气功的发展进入了科学研究及应用，同时发扬传统气功的研究包括文献研究双管齐下的局面，加深了对气功的认识，拓展了气功的领域。
四、外求法为主，与内求法相结合。即以现代科学研究为主，充分尊重和吸收内求法，气功师们的内省体验，反观内照，二者相互补充、综合。钱学森发展了系统科学的方法论：“从定性到定量的综合集成法”。唯有如此，气功科学才能迅速发展，并促进科学革命，造福人类。（罗新）（图片来自网络）